阴茎根部的毛囊炎和梅毒的皮疹在病因和临床表现上不同。阴茎根部的毛囊炎主要是局部细菌感染所引起，表现为炎症性的毛囊性的丘疹，有的顶端有脓疱，自觉可能有痒或痛的感觉，可以单发，也可以多发。
梅毒可有多种皮损，在一期梅毒可以表现为阴茎局部的硬下疳，是局部的硬结和溃疡，一般是1cm大小，圆形或者椭圆形的损害，边界清晰，有浸润感，质地有软骨样的硬度，不痛不痒。二期梅毒也可以出现引阴茎根部的皮疹，以浸润性的红斑或者糜烂为主，与毛囊炎不同。必要时通过抽血查梅毒的抗体，也可以加以区分。