黏膜内癌与原位癌是不同的，具体体现在以下几个方面：
第一、黏膜内癌主要是指癌细胞或异型的腺体侵入到黏膜固有膜，仅限于黏膜层的癌组织，属于早期的恶性肿瘤。而原位癌是指黏膜上皮出现重度不典型增生，几乎累及或累及上皮的全层，但是未突破基底膜，因此称为原位癌。它出现的要比黏膜内癌要早一些，属于癌症的最早阶段。
第二、黏膜内癌通常预后也是很好的，五年生存率可以达到90%-100%，而且通常不会出现转移，但是有少数的情况下会出现远处转移，转移几率非常小。而原位癌通常经过彻底的手术切除后不会发生癌变，只有治疗不彻底才可能发展成为进展期的癌。