舌咽神经痛手术后是可以有后遗症的，任何神经痛手术后，都可能会遗留后遗症。手术后的舌咽神经痛也不例外，都是两种情况，一种是手术后神经痛并没有被解除，仍然会出现神经痛，甚至因为手术后，神经形成的纤维瘢痕粘连，神经痛会更明显。遗留的神经痛，通过再次手术或者其他方法来进行治疗，效果也不是很好，这叫神经痛的后遗症。另外一种后遗症，就是由于手术对神经实施了阻断或者切断，会产生神经远端的功能障碍，造成支配区的感觉缺失或者部分肌肉的功能和收缩功能障碍，出现轻瘫的表现，这种后遗症随着时间的推移，会逐渐减轻。不同的后遗症要采取不同的方法，进行控制才好。