原发性的舌咽神经痛，病因不明。神经系统体格检查和常用的神经科辅助检查，都不会有异常。某些继发性的舌咽神经痛，比如小脑肿瘤、蛛网膜炎、血管性疾病压迫的舌咽神经，鼻咽部肿瘤侵犯的舌咽神经，或者颈突过长压迫的舌咽神经，这些叫继发性的舌咽神经痛。这类疾病通过头颅CT、核磁共振、脑血管造影等，可能发现原发疾病。通过处理原发疾病，舌咽神经痛可能得到缓解甚至是终止。但是原发性的舌咽神经痛，无法通过辅助检查来明确病因。