矮小症首先要明确诊断是否是真正的矮小以及是否生长迟缓，同时发育是否正常，其次要找到矮小病的病因，这是进行治疗的基础。诊断出矮小症以后，治疗首先包括一般的治疗，一般治疗主要是针对查到的各种病因，比如有些内科的疾病，比如甲状腺功能减退。另外，像血液系统疾病、贫血都是内科常见的有可能引起矮小的病因，通过治疗原发的疾病，纠正以后身高的增长会慢慢的恢复，另外心理的疏导也非常重要。
应该关注患者的心理健康，大多数的患者因为心材矮小，特别容易受到同龄人的嘲笑。孩子可能会感到与同伴的隔离，同时会产生自卑，不愿意接触人、社会，而且容易出现消极的心，。长时间引发抑郁症等心理的疾病，不利于疾病的恢复。医务人员和家人应该共同努力注意疏导，开解患者的心情，帮助建立对疾病正确的认识，保持积极的心态。要进行药物的治疗，当然矮小症如果是由于生长激素缺乏，可能会选择生长激素注射的治疗，在使用的过程当中医生会评估治疗的效果以及安全性，帮助指导剂量，另外如果是甲状腺功能减退，医生可能会帮助使用甲状腺激素的替代治疗。另外，特殊的药物，比如矮小症同时存在着性腺功能的减退，也可能会选择性激素帮助一块治疗，矮小症的治疗主要是包括原发病的病因治疗以及心理的疏导同时合理的用药。