对于脑植物神经功能紊乱，首先要通过调整植物神经的药物，可以用5-羟色胺再摄取抑制剂，改善5-羟色胺的水平，改善因此引起的植物神经功能紊乱情况，主要有舍曲林、帕罗西汀、氟西汀、西酞普兰等药物，都可以改善神经功能紊乱的情绪障碍和失眠。
还有去甲肾上腺素再摄取抑制剂，主要有文拉法辛、米氮平，也可以改善睡眠和植物神经功能紊乱引起的躯体症状。如果患者有精神障碍，需要用改善精神方面的药物，主要有奥氮平、喹硫平，以及阿立哌唑等，可以改善精神症状。还有用于失眠的思诺思、舒乐安定，可以改善植物神经功能紊乱造成的失眠症状。