1、视诊和触诊：肛门视诊可在肛周皮肤上见单个或多个外口，外口常在肛周皮肤表面，凹陷或隆起，挤压时有脓液流出，外口凸起较小者多为化脓性。外口常在肛周皮肤表面，凹陷或隆起，挤压有脓液流出，浅部的瘘管可在皮下摸到硬的条索，由外口通向肛门。高位肛瘘位置较深，不易摸到瘘管，且外口常有多个。如肛门左、右侧均有外口，应考虑为“蹄铁形”肛瘘，这是一种特殊类型的肛瘘，瘘管围绕括约肌，由一侧坐骨直肠窝通向对侧，或呈半环形，如蹄铁状，在齿状线附近有一个内口，口数目较多，位于肛门左右两侧。
2、直肠指诊：直肠指检可初步了解内口位置、有无分支及其类型，指检时可摸到内口硬结，有压痛，按压后见脓液排出。
3、肛镜检查：可仔细检查齿状线上下，注意观察肛窦有无充血、凹陷或排脓，对可疑存在的内口可用探针探查以明确诊断。
4、X线造影术：经瘘管外口注入30%~40%的碘甘油或复方泛影葡胺，在X线下观察肛管直肠瘘的部位、走向和分布。多用于高位复杂性肛管直肠瘘。
5、探针检查：可用探针探查瘘管的行径、方向和深浅。探针应细而软，从外口插人后沿管道轻轻探入，不可用力，以免探针穿破瘘管壁引起感染或假道。
6、注入美蓝染料：把5％美蓝溶液自瘘管外口注入瘘道内，观察事先放入肛管直肠内白纱布上的染色部位以判断内口位置。
7、磁共振成像检查：近年来有人分析比较磁共振成像检查、CT和肛管腔内超声检查，认为对复杂性肛瘘、蹄铁形肛瘘和手术处理困难的病例，MRI检查有其优势且准确率高，临床正确使用MRI尚可提高手术成功率并有效监测复杂性肛瘘的治疗效果。
8、Goodsall规律：在肛门中间划一横线，若肛瘘外口在横线前方，瘘管常呈直型，呈放射状分布；若外口在横线后方，瘘管常呈弯型，内口多在肛管后正中肛隐窝处。多数肛瘘符合上述规律。Goodsall规律对预测后方外口的肛瘘行径相当准确，特别是在女性病人中，符合率达97％，但它对前方外口的肛瘘预测不够准确。Goodsall未认识到前方肛瘘也主要起源于前正中隐窝。