自然周期移植冻胚的最佳时间，要依据冻胚的胚胎类型决定。如果是移植卵裂期的胚胎，也就是在体外培养三天的胚胎，移植的最佳时间是排卵以后的第三天。如果女性的月经周期规则，为28天左右，也就是在月经的第18天进行移植。如果移植的是卵裂期胚胎，就是上述这样为最佳的时间。
但是常常会有一些生殖中心进行囊胚培养，也就是移植囊胚，移植的时间就要往后推两天，也就是月经的第20天左右进行囊胚移植。所以自然周期移植冻胚的时间，是根据冻胚的类型来决定。