双眼瞳孔大小不一样有多种原因造成，常见的有以下几种：
第一、动眼神经不全麻痹导致。动眼神经中的副交感神经纤维支配瞳孔括约肌，维持瞳孔处于缩小状态，一旦因为病毒感染以及脱髓鞘病变，导致一侧动眼神经中的副交感成分出现功能异常，就会导致患眼的瞳孔扩大形成双眼瞳孔大小不一致。
第二、由于外伤性扩瞳造成的，当一只眼睛受到外伤时，导致瞳孔括约肌麻痹形成瞳孔扩大，也会导致双眼瞳孔大小不一样。
第三、误点药物造成，例如一只眼睛错误的点入缩瞳眼药水或散瞳眼药水后，也会导致双眼瞳孔大小不一致。