对于咽喉肿痛、咳嗽吃什么药最好，不能一概而论，要看引起咽喉肿痛、咳嗽的原因，一般来说，从西医的角度讲，可以由病毒感染、细菌感染，或者支原体、衣原体等非典型病原菌感染所引起。如果是病毒感染，可以给予抗病毒治疗或中医中药辨证治疗。如果是细菌感染，可以给予抗生素抗感染治疗，常用的有青霉素类的阿莫西林胶囊、阿莫西林克拉维酸钾，头孢菌素类的头孢呋辛、头孢羟氨苄，大环内酯类的阿奇霉素。如果是18岁以上的成人，也可以用喹诺酮类的抗生素进行治疗。如果是支原体、衣原体等非典型病原菌感染，给予大环内酯类或者喹诺酮类的抗生素。
如果从中医的角度讲，要进行辨证论治，经常见到的是风热犯肺引起的咽喉肿痛、咳嗽，这时会用银翘散加减方或者金花清感颗粒、连花清瘟颗粒，进行疏散风热、利咽治疗。