能够引起人体生殖系统感染的支原体主要包括人型支原体、生殖支原体和解脲支原体，感染后潜伏期为1-3周。男性患者主要表现为尿道刺痛，可出现不同程度的尿急、尿频以及排尿痛，特别是当尿液较为浓缩的时候更明显，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄、量少，为浆液性或脓性，多需要用力挤压尿道才可见分泌物溢出。常于晨起尿道口有少量黏液性分泌物或仅有痂膜封口，在内裤上残留有脏污。
亚急性期常合并前列腺感染，患者常出现会阴部的胀痛、腰酸、双大腿内侧有不适感，或在做提肛动作时出现自会阴向大腿内侧发散的刺痛感。女性患者多见以子宫颈为中心扩散的生殖系统炎症，多数无明显的自觉症状，少数重症病人有阴道的坠胀感，感染局限在子宫颈时表现为白带增多、混浊、子宫颈水肿、充血或表面糜烂。感染扩及尿道表现为尿道口潮红、充血，挤压尿道可有少量分泌物外溢，但很少有压痛出现。