水合氯醛属于催眠药、抗惊厥药，此药在医生的指导下合理的使用相对安全。儿童常规使用的不良反应是对胃黏膜的刺激作用，如恶心、呕吐等症状。偶有发生过敏性皮炎、荨麻疹等事件，对此药过敏者禁用。
但需要注意，由于对此药的敏感性个体差异比较大，因此剂量上必须进行个体化治疗，过量使用可能会产生持续性精神错乱、严重的嗜睡，以及顽固性的恶心、呕吐，还有胃痛、癫痫发作、心率过缓、心律失常等症状，并可能有肝肾功能的损伤。长期服用可能会产生依赖性及耐受性，突然停药还可能会引起严重的撤药综合征。此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，用药过程中出现身体不适，要立刻告知医生。