糖皮质激素最主要的不良反应是免疫抑制、代谢紊乱以及反跳现象，会导致患者特别容易感染，出现口咽部念珠菌感染，血压增高、血糖增高、体重增加等不良反应也会有，外在表现会出现皮质功能亢进综合征，比如水牛背、满月脸，但是四肢变得纤细，因为脂肪重新分布。
还有可能会出现痤疮、多毛，出现胰腺炎，引起脂肪肝等，胃肠道系统、胆道以及泌尿系统也会出现问题，比如有消化道穿孔、出血或者溃疡等，会有骨质疏松、股骨头坏死、皮肤干燥的反应。女性有月经不调、内分泌紊乱等不良反应，患者会出现失眠、多梦等神经类疾病。糖皮质激素还会引起白内障发生，看东西模糊不清，儿童使用者还会引起发育不良等。