真菌性阴道炎治疗，首先消除诱因，是指如果患者正在使用广谱抗生素，雌激素等药物要及时停用，对患有糖尿病的患者应积极治疗糖尿病，让血糖控制在正常范围。
单纯性外阴阴道假丝酵母菌病，常采用唑类抗真菌药物，局部用药可以选择克霉唑制剂放置阴道深部。如果说对未婚妇女不宜采用局部用药的患者，可以选择口服药物，口服药物常用有氟康唑，一定要在医生的指导下进行用药，不能自已盲目使用药物。对重度外阴阴道假丝酵母菌病的患者，在单纯性外阴阴道假丝酵母菌病治疗基础上，要延长多一个疗程的治疗时间，并且治疗的用法、用量都有所差异，所以要根据具体情况来决定用药剂量以及方法，要在医生指导下进行使用。
外阴阴道假丝酵母菌病不需要对性伴侣进行常规治疗，若有龟头炎症者需要进行假丝酵母菌检查及治疗以预防女性重复感染。