骨巨细胞瘤不容易被根除，其主要的复发率为30%-50%，转移率为5%-10%，转移几乎都是发生在手术之后。骨巨细胞瘤中血管浸润与预后无平行关系，其预后与手术时肿瘤所处阶段以及手术方法等密切相关。
最初做刮除手术复发率为34%，最初做局部切除复发率为7%，若手术时已经有骨质发生破坏，软组织已被浸润，手术刮除不易干净，预后欠佳。
此外，在组织学上预后与基质细胞密集程度和基质细胞异型性等密切相关。因此，建议患者一定要早发现、早治疗，术后密切随诊、定期复查，防止复发。