眼睛发炎的治疗主要取决于发病原因，可以予以以下针对性治疗：
1、使用抗生素眼药水：对于细菌感染所导致的细菌性结膜炎或者角膜炎的患者，需要选择抗生素眼药水进行治疗，在初期常使用广谱抗生素眼药水或者眼膏进行治疗，例如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液，同时可以辅助氧氟沙星眼膏等进行治疗。后期可以根据药敏试验的结果，选择敏感抗生素药物进行治疗。
2、使用抗病毒的药物：如果是病毒导致的结膜炎或者角膜炎的患者，需要选择抗病毒的药物进行治疗，局部的抗病毒眼药水主要包括阿昔洛韦滴眼液、更昔洛韦眼用凝胶、重组人干扰素α2b滴眼液等，病情严重者还需要口服抗病毒的药物进行治疗。
3、使用抗真菌类眼药水：如果是真菌引起的角膜炎症，需要用抗真菌类的眼药水，常用的药物包括两性霉素B滴眼液、那特真、氟康唑滴眼液等。
4、抗炎类以及扩瞳眼药水：如果是葡萄膜炎所引起的眼睛发炎，患者需要使用抗炎类以及扩瞳的眼药水进行治疗，常用的抗炎类眼药水包括典必殊、复方硫酸新霉素滴眼液等，常见的扩瞳的眼药水为硫酸阿托品眼用凝胶等，对于病情严重者，还需要口服或者静脉滴注激素来促进病程的缩短。