克拉霉素上市后的不良反应资料显示，副作用主要有口腔异味、腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，还会有少数患者出现头痛、血清转氨酶短暂升高，对于发生过敏性反应的患者，轻者为药疹、荨麻疹，重者会发生血管神经性水肿等情况，偶见患者出现肝功障碍，甚至肝衰竭。
另外，也有发生短暂性中枢神经系统不良反应的报告，包括焦虑、头昏、失眠、幻觉、噩梦或者意识模糊，罕见有报道患者服药后出现血清肌酐升高、间质性肾炎和肾衰、胰腺炎、白细胞减少症和血小板减少症。此药属于处方药，必须在医生指导下合理使用，对药物敏感者禁用。