引起长时间腹泻的原因如下：
1、消化道功能改变，全身多器官如果出现功能改变，也同样会导致长时间的腹泻，比如胃黏膜萎缩或者胃液粘度的降低，消化道中也会大量的繁殖细菌，此时胰腺分泌的活力就会低于正常，比如空肠黏膜变薄，十二指肠也同样会造成营养不良或者明显的腹泻症状，而且这种症状基本上不容易恢复。
2、免疫功能降低也会导致消化道的屏障功能降低，更容易出现长时间的腹泻，局部免疫功能减弱也会导致胃肠道更容易感染，所以这也是造成慢性腹泻的主要原因。
3、营养不良也会导致小肠吸收不良，会出现胃肠道明显的黏膜萎缩，自然就会导致小肠细菌过度的繁殖，出现反复的腹泻。