湿毒清胶囊有副作用，湿毒清胶囊上市后的不良反应报告显示，按照说明书推荐的剂量和疗程辨证合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较小，偶见患者服药后出现胃脘不适、隐痛、恶心等胃肠道反应，停药后一般症状可自行消失，如果情况严重请去医院就诊。
出现胃肠道不良反应的患者或者平时脾胃功能较弱的患者可以饭后服药，可以减轻不良反应的发生率。极少数患者会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用，用药期间不宜同时服用温热性药物，忌烟、酒，以及辛辣、油腻、腥发食物。