当患者出现肺结核利福平耐药时，可使用其他的抗结核药物，例如异烟肼、利福喷丁、吡嗪酰胺、链霉素、左氧氟沙星、依替米星等。临床上可完善结核菌的培养以及药敏，可根据药敏试验选择抗结核的药物。
在使用抗结核药物治疗活动中，需要注意监测药物的副反应，并作出相应的处理。如果患者出现周围神经病变，可以口服营养神经的药物，例如甲钴胺等等。
如果患者出现转氨酶的升高，可以加用保肝的药物，例如水林佳、易善复等，如果患者出现胆红素的升高，需要停用肝功能损害的药物。