有非常多的原因造成甲状腺功能低下，像甲状腺的手术，比如甲亢，用手术治疗可以造成甲减。另外，甲状腺结节或甲状腺癌进行手术切除，切除了大部分的甲状腺，也可以造成甲状腺合成分泌激素不够，出现甲减。
另外，如果是甲亢患者，使用碘-131治疗，它可以通过破坏甲状腺出现甲减，这样把甲亢治好。同时，像某些甲状腺自身免疫性的炎症，比如桥本甲状腺炎，由于自身免疫性的破坏，往往会出现甲状腺功能减退。另外，像亚急性甲状腺炎、桥本甲状腺炎都是自限性的情况。随着病情好转，一过性的甲状腺功能减退，往往都能够自行恢复。另外，在使用抗甲状腺药物治疗甲亢期间，可能会出现药物性甲减。但是，随着甲亢患者治疗痊愈，抗甲状腺的药物停用以后，药物引起的甲状腺功能减退完全能够恢复，大部分的甲状腺功能减退可能需要长期治疗。