每天醒来全身酸痛可以由以下几种原因引起：
第一、类风湿，类风湿严重时可以累及全身的关节以及筋膜、软组织、肌肉，而导致醒来之后全身酸痛的症状，这时要化验血以及拍摄关节的X线片来诊断；
第二、强直性脊柱炎，强直性脊柱炎也可以有醒来之后全身酸痛的症状，可以伴有骶髂关节以及脊柱的疼痛、晨僵，可以有整个脊柱受累，这时要检查血的化验以及拍摄腰椎、骶髂关节的X线片来诊断；
第三、肾虚，肾虚时也可以有睡醒觉之后全身酸痛的症状，这时要到中医科把脉诊断，早期的口服补肾药物治疗。