矮小症的病因比较多，除了生长激素缺乏所导致的矮小症以外，还有其他很多原因导致的身材矮小，矮小症的病因主要分为正常生长变异和病理性的身材矮小。
其中正常生长变异又包括由遗传引起的家族性的矮小以及体质性的生长延迟，体质性的生长延迟并不影响成年的升高，只是在出生的时候身材正常。在儿童时期身高增长低于正常低值，特发性的矮小和生长发育迟缓也属于正常生长变异。另外病理性的身材矮小主要包括营养不良、慢性胃肠道疾病、性早熟、遗传代谢性疾病以及糖皮质激素治疗等所导致的病理性的身材矮小，生长激素缺乏只是其中的一种。