眼部的真菌感染主要是指真菌性角膜炎，真菌性角膜炎是一种慢性的感染性炎症，不像细菌性感染发病比较急，其发病比较慢，呈一个缓慢的过程。有疼痛、流泪、畏光，主要是视物不清，角膜瞳孔区变白，变白的原因主要是角膜的菌丝侵袭角膜的基质，使基质水肿造成的，进行眼科检查，通过裂隙灯，典型的酵真菌性角膜炎就可以明确诊断。
如果是不典型的需要进行刮片，进行显微镜下找菌丝或做真菌培养，目前还可以通过共焦显微镜，找到角膜内的真菌菌丝，就可以判断真菌角膜炎。但真菌性角膜炎治疗非常困难，目前支持治疗的有效药物是那特真。