小脑血栓最佳的治疗时间是在发生小脑血栓的三小时以内，如果在发生急性小脑血栓三小时以内，将患者送到当地的三级甲等公立医院神经外科或者神经内科，做全脑血管造影，特别是DSA检查，能够发现小脑血栓的部位，在血管介入治疗下进行急诊取栓治疗。
如果超过三小时，不超过六小时，可以在医院进行动脉溶栓治疗，同样也需要在急诊血管造影的条件下完成。假如已经超过六小时，只能采取全身静脉溶栓治疗，同时考虑进行抗血小板凝集治疗。总之，小脑血栓的最佳治疗时间是黄金三小时。