不是所有原因导致的咳嗽均可以口服阿莫西林，如果患者的咳嗽是由于细菌感染引起，口服阿莫西林有效。如果患者是由于病毒感染而引起的咳嗽，口服阿莫西林是无效的，需要使用抗病毒或者是对症的药物进行治疗。如果患者是由于支原体感染而引起的咳嗽，口服阿莫西林也是无效的，需要使用大环内酯类的阿奇霉素、红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等。
如果患者是由于咽炎而导致的咳嗽，口服阿莫西林也是无效的，需要含服胖大海含片，同时注意休息，多饮水。如果患者是由于咳嗽变异性哮喘而引起的咳嗽，口服阿莫西林同样是无效的，需要口服孟鲁司特钠，吸入布地奈德福莫特罗。