因为亚急性甲状腺炎可以出现甲状腺滤泡的破坏，从而造成一过性的甲状腺功能亢进症，此时人体储存的甲状腺激素低于正常，应用他巴唑可以抑制甲状腺激素的释放，在这种情况下就会使病情加重，所以亚急性甲炎患者不长期使用他巴唑来抗甲状腺治疗。
对于甲状腺功能亢进症严重者短期内也可以使用，注意是短期使用，而不是长期使用，待症状缓解后应该立即停用。用药期间还要密切监测甲状腺功能情况，如果出现了甲状腺功能减退症的情况，应该立即停药。