小儿患百日咳后每个人的抵抗力不同，以及是否出现并发症，住院时间也不一样，一般住院时间一个月左右。百日咳是具有传染性的呼吸道疾病，临床分三期，卡他期持续1-2周，痉咳期2-6周，再就是恢复期。
痉咳期会痉挛性咳嗽，容易出现窒息，特别是在夜间发生，要及时给予吸痰、吸氧，甚至人工呼吸，所以痉咳期一定要在医院度过，这个阶段容易出现并发症，如支气管炎、肺炎，甚至肺不张、肺气肿、中毒性脑病等，治疗时间比较长。最后是恢复期，可以在家中度过，要合理饮食，增加免疫力，预防感冒。