男性阴茎头根部疼痛，一般是由于阴茎头和尿道外口的感染、炎症及结石等原因造成。比如尿道炎，患者的症状一般表现为在排尿的时候或者是排尿结束的时候，出现阴茎头内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急，自患者的尿道外口流白色或者是黄色分泌物的症状。
另外，阴茎头炎或者是包皮炎患者表现为阴茎头以及包皮黏膜充血、水肿、发痒以及疼痛的症状，同时伴有炎性的分泌物渗出。如果是包皮过长或者是包茎的患者，出现包皮嵌顿的时候，由于阴茎头和包皮的血液循环障碍，也会引起阴茎头疼痛的症状。