胃十二指肠息肉的治疗措施主要包括药物缓解症状、内镜下息肉切除、外科手术息肉切除等，其治疗方法主要取决于患者的临床情况、息肉的恶性潜能及已经出现恶变的息肉所处的阶段等。
一、药物治疗
舒林酸：是一种非甾体类抗炎药，临床研究表明其可以控制十二指肠和结肠、直肠腺瘤的生长和细胞增殖，以达到治疗目的。早期的十二指肠息肉甚至可以消失，但随着停药时间的延长，腺瘤可以复发。
二、手术治疗
1、内镜黏膜切除术：于胃肠病灶的黏膜下层内注射药物使其形成液体垫后，将大块的黏膜组织进行切除。主要对于小于2cm的带蒂的息肉患者，它很好地结合了内镜息肉高频电切术和内镜黏膜注射术两者的优点，无需开刀，可完整切除，对胃肠组织的损伤最小，且避免了肌肉层和标本的过度热损伤。
2、内镜黏膜下剥离术：是指在内镜下应用末端绝缘切开刀、钩刀、伸缩刀及辅助设备一次性完整切除较大消化道黏膜及以下病变的一种治疗方法，已经在世界范围内得到了广泛应用。与内镜黏膜切除术相比，内镜黏膜下剥离术对早期胃癌的整体切除率和组织学完全切除率较高。
3、氢离子束凝固术：是一种非接触性息肉切除术，主要是通过高频电流以单极技术的有导电性氩气，引导至需要治疗的组织，产生凝固效应，从而达到治疗目的。与传统的凝固术比较，可避免患者发生消化道穿孔，另外也可以对需要治疗的组织表面自动导向，同时可以自行逆向凝固、侧向及轴向凝固，能够准确抵达患者消化道息肉，对病灶进行彻底清除。
4、高频电凝切除：高频电凝切除法的原理是利用电灼热效应从而产生局部高热，使得组织因水分蒸发、蛋白凝固变性而被切除，是目前应用最广泛的方法。与传统外科切除术相比，其具有手术创伤极小，可减轻对消化道周围组织的侵扰，可一次性切除多个息肉，同时还可以彻底止血等优势，而且无需住院，可明显提高患者的预后和生活质量。
5、微波灼除术：微波灼除法是利用微波可使极性分子振动产生热效应的原理，而使组织凝固气化进行息肉灼除，且有止血作用，适用于直径＜2cm的无蒂息肉，对较小息肉可一次性灼除，较大者则需多次治疗。微波灼除术有操作简便、安全性高、并发症少等优点，但与高频电凝切除术相比，其消耗时间长，术后不能取息肉进行相关病理检查。
6、尼龙圈套扎息肉：主要通过从息肉基底部结扎其营养血管，既可单独应用于消化道息肉治疗，使息肉缺血缺氧，坏死脱落，自行消失，也可联合高频电切治疗有利于标本回收，判断病变部位性质。另有病理结果证实，治疗后结扎部位肌层完整，仅局限于黏膜及黏膜下层产生局部缺血坏死，故尼龙圈及橡皮圈套扎息肉较安全、并发症少且经济。
三、其他治疗
1、对症治疗：如有出血，给以止血药物如垂体后叶素，并根据出血量多少进行相应处置。
2、病因治疗：溃疡性结肠炎导致的炎性息肉，柳氨磺吡啶、5-氨基水杨酸类药物治疗溃疡性结肠炎。
3、预防治疗：家族性腺瘤性息肉病患者可服用塞来昔布减少腺瘤性结直肠息肉数目，每日两次，与食物同服。