核磁共振与CT在很多方面都有所差别，具体如下：
一、二者的成像原理不同，磁共振是利用人体内的氢质子，在外加磁场的作用下产生信号，再经过一系列重建形成图像，没有辐射。而CT是利用人体不同组织对X线吸收程度不同，经过重建得到图像，具有一定的辐射性。
二、检查的侧重点不同，磁共振对软组织的分辨率比较高，尤其是神经系统、骨关节以及腹部。而CT除了骨关节，适合全身多部位的检查，特别是急诊检查CT是首选。
三、价格不同，CT的价格比较低，一个部位在100-300元左右，而核磁共振的费用在500元左右。