干燥综合征是一种自身免疫性的外分泌病，致病因素可能是多方面的，涉及遗传、免疫、性激素和感染等。其免疫调节紊乱有两大特点，一是外分泌腺体有慢性的淋巴细胞浸润，二是B淋巴细胞的活性是高度活跃的，导致产生许多的循环抗体和免疫复合物。干燥综合征唾液腺进入的淋巴细胞，已活化的T辅助亚群为主体，T抑制细胞减少，合成了单克隆的免疫球蛋白，NK细胞缺乏。腺上皮细胞表达人类白细胞抗原b2明显升高。研究发现，主要的组织相容性基因是干燥综合征的遗传标志，但是这些基因及其产物对发生干燥综合征会起到促进作用，并非原始的启动作用。病毒感染的研究涉及到EB病毒、巨细胞病毒、人类疱疹病毒和免疫缺陷病毒，其中的EB病毒与干燥综合征的发病的关系受到重视，以至正常成人的唾液腺可有EB病毒的潜伏，EB病毒可以诱导机体强烈的T细胞反应，并活化B细胞，在体外可以诱导B细胞或者类风湿因子和抗核抗体，EB病毒的感染在干燥综合征的发病当中可能占有特殊的地位。病因学的研究显示原发性干燥综合征和继发性干燥综合征，很可能不是两种相似的疾病，但是病因完全不同，两者从病毒的生长状态、遗传标记和自身抗体的频率，以及临床表现方面均有明显的不同。推测继发性干燥综合征的口干、眼干和合并的结缔组织病变的一部分症状，可能是在结缔组织病的基础上，由其他病毒感染造成的。总之，尽管原发性干燥综合征和继发性干燥综合征有某些相似之处，但不能视为是完全相同的疾病。