牙齿根部发黑可能患有了牙周炎，牙周炎的患者口腔卫生情况不良，口内存在很多食物残渣、牙石和牙菌斑，牙石呈黑褐色，和牙根部结合比较紧密，会显得牙根部发黑。
牙周炎的患者还存在着不同程度的牙根暴露，当牙根一旦暴露在口腔内之后牙根部比较粗糙，不如牙釉质光滑，很容易沉积和吸附细菌以及食物残渣，也非常容易造成龋坏。一旦发生根面龋坏，会出现根面的硬组织缺损和色素沉着，也会使牙根部发黑。长期吸烟或者喝浓茶的人如果没有进行及时刷牙、漱口，牙齿根侧会沉积黑褐色的色素，也会导致牙根面发黑的现象。