金黄色葡萄球菌感染的治疗，针对患者对药物的敏感程度以及禁忌症可以选择不同的药物，常见情况如下：
一、如果是对于甲氧西林比较敏感的金黄色葡萄球菌，这种情况可以首选苯唑西林或者头孢唑林。
二、如果是对甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌感染，一般首选万古霉素。
三、如果存在万古霉素的禁忌，患者存在肾功能不全，这种情况也可以换用替考拉宁或者换用利奈唑胺，也可以选择达托霉素。
四、如果是中枢神经系统感染，一般不能够选择替考拉宁，可以应用利奈唑胺。
五、对于急性感染性的心内膜炎，由于金黄色葡萄球菌所导致，通常情况下可以联合用药，可以将苯唑西林联合利福平或者联合庆大霉素，也可以应用头孢唑林，联合庆大霉素或者联合利福平。
六、对于耐万古霉素的金黄色葡萄球菌感染的治疗，可以在利奈唑胺或者达托霉素的基础上，联合磺胺类的药物，也可以联合氨基糖苷类的药物，比如庆大霉素。另外，也可以联合四环素类的药物，比如米诺环素、多西环素，也可以联合利福平治疗。