阿昔洛韦是抗病毒的药物，主要是对疱疹病毒感染效果较好，比如带状疱疹或者单纯疱疹等。扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染所导致，阿昔洛韦并没有明确的疗效。
扁平疣多数选择像维A酸类的药物，这类药有抑制表皮过度增殖，调节免疫、抗炎的作用，常用的有维A酸乳膏、他扎罗汀乳膏。也可以选择重组人干扰素α2b凝胶，其具有抗病毒的作用。
除此之外，咪喹莫特乳膏也有很好的抗病毒，调节免疫力的作用。除了药物之外，扁平疣的治疗也可以选择冷冻或者激光治疗。