隐匿性肾炎的主要病因为肾小球基底膜受损和肾小球基底膜的电荷屏障、机械屏障受损，隐匿性肾炎常好发于IgA肾病患者、免疫力低下者、吸烟者等人群。吸烟、免疫力低下、患有其他肾小球疾病等都能诱发隐匿性肾炎。
一、主要病因
1、肾小球基底膜受损：肾小球基底膜出现微小破裂，红细胞受机械挤压漏出至鲍曼氏囊腔出现血尿。一般多发生在系膜旁区基底膜，在有系膜区损伤的疾病中易于发生。
2、肾小球的电荷屏障或机械屏障受损：正常情况下，肾小球基底膜存在电荷屏障和机械屏障，阻止血浆中的蛋白分子滤出。若因各种原因使肾小球的电荷屏障或机械屏障受损，则尿液中可以出现不同分子量的蛋白尿，此为肾小球性蛋白尿。
二、诱发因素
1、吸烟：吸烟可能是隐匿性肾炎的诱因，吸烟者的发病率升高。
2、免疫力低下：免疫力低下可诱发隐匿性肾炎发生。