午睡起来头疼，可能有两种情况：
第一种，与午睡有关的头疼，特别是午睡质量不高，脑力体力得不到充分的恢复，因此就可能会出现午睡起来头疼的症状，比如在某些比较严重的阻塞性睡眠呼吸暂停的患者，午睡时可以出现打鼾、呼吸暂停等现象，导致全身间断的缺氧，在午睡清醒过来的时候就会感觉到头疼的症状。
第二种，头疼与午睡没有直接的关系，实际上是原有的潜在的某些疾病造成的，包括引起头疼的各种类型的神经痛、血管性头痛以及神经炎症，鼻窦炎等，在午睡的时候疼痛被抑制住了，而当清醒过来的时候就会感觉到头疼的出现。
如果经常出现午睡后头痛，建议到医院神经内科、耳鼻喉科或者睡眠专科等相关科室就诊，由接诊的医生根据所描述的具体情况做相应的检查，确定可能的原因，并采取相应的治疗措施，尽量不要拖延，以免延误病情。