骨髓炎一旦发生以后治疗非常困难，通常情况下需要彻底清除局部感染的骨质和局部有病变的软组织，撤底清除炎性的物质，同时给予抗生素骨水泥填充局部的缺损。
6-8周以后取出抗生素骨水泥，局部进行植骨来恢复骨的连续性。当然如果局部缺损非常严重，植骨的量难以达到要求，采取骨搬运技术，使用外固定架进行骨搬运，每天1mm，直到断端接触，来恢复骨的连续性。