引发结石的病因至今也并没有完全阐述清楚，尿结石的人群分布、性别、年龄、种族、职业、地理环境和气候、饮食成分和结构、水分摄入、遗传、代谢等都与结石有关，许多资料显示尿路结石可能是多种影响因素共同所致的。从性别上讲男女比例大约为3:1，男性比女性更容易患结石。种族方面，美国的统计白人比有色人种患尿结石的人要多。在职业方面，高温作业的人、飞行员、海员、外科医师、办公室工作人员发病率较高。在地理环境和气候方面也有着地区性的差别，例如山区、沙漠、热带地区尿石症发病率高，在我国南方结石发病率高，饮食中如果大量摄入动物蛋白、精制糖，可增加上尿路结石形成的危险性，其它例如脂肪、嘌呤、草酸、钙、磷、微量元素、维生素等都会影响结石的形成。
饮水量多，有利于尿液排泄，能够减少结石的形成，而如果饮水少、出汗多，就有利于尿结石的形成。有些结石形成与疾病有关，例如胱氨酸尿症、家族性黄嘌呤尿等。先天性的肾脏畸形，例如多囊肾、马蹄肾、肾盂输尿管连接部狭窄、髓质海绵肾、下尿路畸形、前列腺增生等容易引发结石。代谢性的紊乱，例如甲状旁腺功能亢进、高尿酸症、高草酸尿症等以及反复的泌尿系感染，这些都是结石形成的原因。