伤口一旦发展成厌氧菌感染，首先需要彻底地清疮，这类伤口一般位置比较深，所以要彻底清疮并使用双氧水进行冲洗。冲洗以后，用普通的盐水再冲洗，特别严重的厌氧菌感染有可能不能在一期缝合伤口。等待感染好转后，再进行二期的缝合，同时要使用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑，可以口服，严重的可能需要输液进行治疗。
另外，提高患者身体内的氧浓度，也有抗厌氧菌感染的作用，比如吸氧或者高压氧进行治疗，对抗感染都有好处。另外，增加患处血运，也是抗感染的好办法。