幽门螺杆菌是一种革兰阴性杆菌，幽门螺杆菌经口进入胃内，部分被胃酸杀灭，部分则附着于胃窦部黏液层，依靠其边毛穿过黏液层，定居于黏液层与胃窦黏膜上皮细胞表面。一般不侵入胃腺和固有层内，一方面避免了胃酸的杀菌作用，另一方面难以被机体的免疫机能清除。
幽门螺杆菌产生的尿素酶可分解尿素，产生的氨可中和反渗入黏液内的胃酸，形成有利于幽门螺杆菌定植和繁殖的局部微环境，使感染慢性化。幽门螺杆菌凭借其产生的氨及空泡毒素，导致细胞损伤，促进上皮细胞释放炎症介质、菌体细胞B抗原，引起自身免疫反应，多种机制使炎症反应迁延或加重，其对胃黏膜炎症发展的转归，取决于幽门螺杆菌的毒株及独立宿主个体差异，和胃内微生态环境等多因素的综合结果。