目前研究认为，胆管原发性结石的发生机制主要和胆道异物、胆道感染、胆道寄生虫、胆管解剖异常、营养不良或者某些手术有密切的关系。因此，预防胆管结石的发生，需要尽量避免上述情况的发生。积极治疗寄生虫感染，对于存在胆道狭窄，需要考虑进行手术或者介入治疗。还有一点需要注意的是，对于胆管原发性结石，取净结石只是治疗的第一步。解除狭窄、通畅引流、控制感染也是非常重要的，对避免以后结石的复发具有非常重要的意义。胆管结石也有可能出现继发性的，主要是指胆总管结石，是由于胆囊结石下行所造成的。胆囊结石形成的原因和胆管结石有着显著差别，主要和胆汁淤积，以及胆固醇和胆汁酸比例失调有关。因此，预防胆管继发性结石最主要的是注意饮食，以清淡、易消化饮食为主，避免暴饮暴食，避免饮酒，避免进食高胆固醇食物，比如动物内脏、肥肉、鱿鱼、黄油，也应当避免进食煎炸的食物和西式快餐类食物等。