CT不能排除颅内感染，脑CT是比较粗略的检查，常常用来鉴别脑血管病、脑肿瘤等。
颅内感染包括脑炎、脑膜炎，大多数在CT上并不能直接显示出来，需要进一步完善头颅磁共振检查，必要时要做强化扫描，磁共振可以发现脑实质的异常信号以及脑膜的强化信号，作为诊断颅内感染的间接性指标。
直接性的指标需要做腰椎穿刺术，测定患者的颅内压力是否升高，并且取脑脊液进一步做化验，完善生化、常规、抗原、抗体、病原学培养等检测，才能明确患者是否为颅内感染，并且感染的是何种病原体，感染的轻重程度如何。