生殖器疱疹的治疗原则为缩短病程，防治继发细菌感染和全身播散，减少复发和传播的机会，内用药治疗目前认为核苷类药物是抗单纯疱疹病毒最有效的药物，初发型一般阿昔洛韦200mg/日5次或400mg/日3次口服，或者伐昔洛韦1000mg每日2次口服，或伐昔洛韦250mg每日3次口服。疗程均为7-10天，对于复发型的采用间歇疗法，最好出现前驱症状或皮损出现24小时内就开始治疗。阿昔洛韦200mg/日5次或400mg/日3次口服，或伐昔洛韦500mg/日1-2次口服，或泛昔洛韦125mg/日2次口服，疗程一般为5天。外用药物治疗以收敛、干燥，防止继发感染为主，常选用3%的阿昔洛韦软膏进行外用。