支原体、衣原体感染常常需要根据药物敏感试验选用合适的抗生素，最常见的治疗衣原体、支原体感染的药物有大环内酯类，如红霉素类、罗红霉素、甲砜霉素、交沙霉素等。
治疗支原体、衣原体感染的药物还有盐酸米诺环素、左氧氟沙星，这些都是对支原体、衣原体有效的药物。
除此以外，阿奇霉素对支原体和衣原体也有较好的疗效，衣原体和支原体感染比较顽固，常常需要强力霉素等更强大的抗生素来彻底治愈。