细菌性阴道病是由于阴道内菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而其他的微生物大量繁殖，主要是以加德纳菌等厌氧菌感染为主。所以治疗方法是以抗厌氧菌的药物为主，主要有甲硝唑、克林霉素，其中甲硝唑是比较理想的治疗药物。因为甲硝唑可以抑制厌氧菌生长，而不影响乳酸杆菌的生长，但是对于支原体治疗的效果比较差，可以选择口服用药，也可以选择局部用药。
由于细菌性阴道病不会通过性伴侣进行传播，所以性伴侣不需要同时治疗。细菌性阴道病如果不进行治疗，对于妊娠期的女性可以导致绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产等。非妊娠期的妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎，子宫切除术后阴道顶端感染等。因此，一旦确诊细菌性阴道病，均需要采用药物治疗。对于妊娠期女性的细菌阴道病的治疗，一般都选择口服药物。