松果体是人类大脑当中一个重要的神经内分泌器官，可以分泌多种激素，包括褪黑素、5-羟色胺在内的吲哚类激素和多种肽类激素。
目前对褪黑素研究比较多，褪黑素的分泌主要是由下丘脑视交叉上核控制，具有一定的昼夜节律性变化，主要在夜间分泌，白天抑制。褪黑素在人体内发挥多种生物效应，可以抑制性腺功能。如果松果体受损伤，患者可能会表现为生殖器过度发育，或者对儿童来说出现性早熟。
此外，褪黑素对机体的内分泌系统、免疫系统都有明显的调节作用，与催眠、镇痛、应激反应、生物节律，以及精神障碍密切相关，可以发挥抗肿瘤、抗氧化等重要作用，目前松果体的功能还有待于进一步地研究。