黄连素亦称为盐酸小檗碱，是科学家从黄连中提取出来的生物碱。黄连素抗菌谱广，体外对多种革兰氏阳性菌及阴性菌均具有抑菌作用，其中对溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、霍乱弧菌、脑膜炎球菌、痢疾志贺菌、伤寒杆菌、白喉杆菌等均有较强的抑制作用。
黄连素低浓度时抑菌，高浓度时杀菌，同时对流感病毒、阿米巴原虫、钩端螺旋体，及某些皮肤真菌也有一定抑制作用。黄连素还能增强白细胞及网状内皮系统的吞噬能力，临床主要用于胃肠炎、菌痢等肠道感染的治疗，口服吸收差，主要在肠道里发挥作用。本药应用广泛，价格低廉，使用安全。