自费疫苗也称为二级疫苗，是由公民自费并且自愿接种的疫苗。常见的二类疫苗包括口服的轮状病毒疫苗、水痘疫苗、甲肝疫苗、流感疫苗、13价肺炎疫苗、九价HPV疫苗、HIB疫苗、手足口病疫苗，这些疫苗都有必要接种，尤其是针对于儿童，大多数都有必要，主要有以下两种情况：
1、有必要接种：口服轮状病毒疫苗主要用于预防秋季腹泻，水痘疫苗预防常见的病毒性感染且传染性极强的水痘。甲型肝炎病毒可以患甲型病毒性肝炎，以儿童发病率为多。手足口病以3-5岁的儿童为多见，13价肺炎疫苗可预防多种细菌感染的肺炎，流感疫苗用于预防流行性感冒病毒引起的急性呼吸道传染病，这些疫苗针对于体质弱、容易患病的儿童而言更应接种。
2、可选择性接种：九价的HPV疫苗可以预防女性宫颈癌以及尖锐湿疣，接种年龄是16-26岁，如果条件允许，接种这些疫苗有好处。