门静脉血栓的症状临床变化较大，特别是很多患者早期表现是无特征性的临床表现，而腹痛是最早出现的症状，腹痛多为局限性，少数为全腹弥漫性且呈间歇性绞痛，但不剧烈，可持续较长时间。50%的患者可能会伴有恶心、呕吐，少数患者会有腹泻或者便血，突然产生完全性肠梗阻，可出现脐周剧烈腹痛呈阵发性，多伴有明显恶心、呕吐，查体时又无明显体征。这往往是由于肠系膜静脉血栓形成，之后再形成门静脉血栓，而很多门静脉血栓还同时伴有脾静脉血栓，因此可能会造成脾区的疼痛或者发热。门静脉血栓进一步发展成为慢性血栓时，会表现出脾大、顽固性腹水，甚至会出现消化道出血以及肝性脑病等，不明原因的脾切除术与门静脉血栓的形成有密切关系。